[CLOS]Error running Quantify requirement failed: ...retention time must be defined...

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[CLOS]Error running Quantify requirement failed: ...retention time must be defined...

Message par Geraldine@CLIPP le Mar 21 Fév - 10:42

Bonjour,
Lors du lancement de quantification XIC, j'ai ce message d'erreur :
Error calling Service [proline/dps/msq/Quantify] : java.lang.Exception: Error running Quantify requirement failed: A scan id, a cycle number or a retention time must be defined for MS2 spectrum id=2027
De mémoire, il s'agissait d'un problème de valeur manquante dans un fichier .dat
Comment y remédier ?

Géraldine
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Dijon

Geraldine@CLIPP

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Re: [CLOS]Error running Quantify requirement failed: ...retention time must be defined...

Message par ProlineAdmin le Mar 21 Fév - 11:09

Bonjour Géraldine,

De mémoire il s'agissait d'un souci dans un des fichiers .dat Mascot.
Il y a plusieurs façon de contourner le problème.
Je pense que le plus simple c'est de modifier le fichier .dat directement.
Pour faire la modif ouvrir d'abord le fichier .dat dans un éditeur de texte.
Vers la fin du fichier tu trouveras des sections correspondants aux spectres MS/MS.
Cherche le mot-clé "RTINSECONDS=0" pour trouver les spectres dont le temps de rétention est zéro ou proche de zéro.
Ce que j'avais fait c'était augmenter légèrement ce temps lorsque la valeur était zéro.
Si tu as beaucoup de fichiers à traiter j'ai une autre méthode qui t'évitera d'ouvrir les fichiers un par un.
C'est un peu plus compliqué car il faut modifier les données directement la base de données de Proline.
Dis-moi ce que tu préfères.

Nous allons tâcher de mettre en place un correctif pour que ce problème n'apparaisse plus dans la prochaine version.

Bonnes vacances,

David

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Re: [CLOS]Error running Quantify requirement failed: ...retention time must be defined...

Message par Geraldine@CLIPP le Mar 21 Fév - 14:00

J'avais mis rtinseconds=50 à la place de 0, mais j'ai eu à nouveau un message d'erreur :
Error calling Service [proline/dps/msq/Quantify] : java.lang.Exception: Error running Quantify requirement failed: can't determine the first scan id of spectrum with id=129067 (the retention time seems to be wrong)
En passant à 500, ça fonctionne. Il ne faut donc pas hésiter à mettre une valeur bien éloignée de 0.

Merci !

Geraldine@CLIPP

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Re: [CLOS]Error running Quantify requirement failed: ...retention time must be defined...

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