Gestion des parsing rules des databases avec proline zero

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Gestion des parsing rules des databases avec proline zero

Message par Mathieu T le Lun 28 Mai - 13:31

Bonjour,

Je viens d'installer proline zero version 1.6.1. Par-conte, lorsque j'ajoute ma database pour faire le "retrieve protein sequences" il semble qu'il y ait des problèmes de parsing.
Sur proline server, je sais comment gérer ces problème s (c'est décrit dans la doc d'installation), parcontre je n'ai pas trouvé l'info pour proline zero.

Merci pour votre aide
Mathieu

Mathieu T
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Re: Gestion des parsing rules des databases avec proline zero

Message par ProlineAdmin le Lun 28 Mai - 14:00

Bonjour Mathieu,

En effet, actuellement on ne package pas SequenceRepository avec  Proline Zero ! Cette fonctionnalité n'est donc pas accessible.
Mais on a cette demande dans notre todo list Smile  

Bonne Journée
Véronique

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Re: Gestion des parsing rules des databases avec proline zero

Message par Mathieu_T le Lun 28 Mai - 14:37

Merci Véronique,

Du coup, il n'y a aucun moyen d'obtenir un export avec les molecular weight des protéines ?

Merci
Mat

Mathieu_T
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Re: Gestion des parsing rules des databases avec proline zero

Message par ProlineAdmin le Lun 28 Mai - 14:47

Je crains que non !

Ou alors, si vraiment c'est bloquant (là on n'est plus du tout sur un mode "Zero" mais plus sur un mode bidouille !!!!!) :
* il faut installer un Sequence Repository sur ton poste (celui où est Proline Zéro)
* le configurer, comme tu sais le faire, pour ce qui est des "parsing rules"
* le configurer pour se connecter au serveur JMS "localhost"
* lancer Proline Zero
* lancer SequenceRepository en mode "RetrieveOnDemand"
* Faire appel à la fonctionnalité "retrieve protein sequences"

... Normalement, ça devrait être bon ... Je n'ai pas testé je doit t'avouer. Si tu as un doute ou un problème, appelle moi !

Véro

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