niveau d'imputation

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niveau d'imputation

Message par Ced@P3S le Mer 21 Mar - 11:14

Bonjour,

J'utilise la fonction "Refine Protein Set" pour l'agrégation des peptides en protéines, en sommant l'intensité des peptides de chaque protéines (Sum). J'ai lu que cela revient à faire une imputation des valeurs manquantes au niveau des peptides, une valeur nulle étant attribuée au données manquantes (puisqu'elle ne sont pas comptabilisées pour le calcul de l'intensité des protéines). La macro ProStaR du Data Analyser me permet ensuite de faire une imputation des données manquantes au niveau des protéines (j'utilise la fonction MLE).

Est-il possible de faire une imputation des données manquantes d'abord sur les peptides puis de faire l'agrégation en protéines ? Apparemment, il n'y a pas le module "agrégation" dans le Data Analyzer... (j'utilise les versions Proline Server et Proline Studio 1.5).

Est-il conseillé une agrégation en protéines (impliquant une imputation non contrôlée au niveau des peptides) puis une imputation au niveau protéines, comme le fait la combinaison de "Refine Protein Set" et "ProStaR", ou une imputation au niveau peptides puis l'agrégation en protéines ?

Merci pour vos réponses.

Cédric

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Re: niveau d'imputation

Message par Christophe Bruley le Jeu 22 Mar - 16:50

Bonjour Cédric,

En effet, je confirme que pour le moment il n'y a pas de module d'agrégation dans le Data Analyzer pour faire ce une imputation niveau peptide puis une agrégation protéine.

En ce qui concerne la stratégie, imputation au niveau peptide ou proteine pour le moment la stratégie le plus souvent employée (chez nous) consiste à faire l'agrégation protéique puis une imputation. L'imputation peptidique "implicite" par une valeur 0 lorsque tu fais une agrégation par la somme n'est pas sans effet mais elle est assez "conservative", donc acceptée pour le moment en attendant de faire mieux (mais les gens qui sont sur ProStaR y travaillent).
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Christophe Bruley

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