Famille multiprotéiques et XIC

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Famille multiprotéiques et XIC

Message par pmarcelo le Mer 22 Nov - 9:44

Bonjour à tous,

J'ai fait une série d'analyses XIC et parmi les protéines différentiellement exprimées, j'ai certains histones notamment les histones H3 (H3.1, H3.2 et H3.3). Lorsque je creuse un peu dans Proline il s'avère que les peptides qui ont servis pour la quantification (dont la cache validate est cochée) sont des peptides communs. Je ne comprend pas pourquoi Proline déclare alors que les trois protéines sont diférentiellement exprimées (ci-joint cap d'écran).
Les recherches dans Mascot ont bien mis en évidence les trois protéines avec un peptide spécifique de chaque protéine.
A part dire que les histones H3 sont differentiellement exprimés, puis-je faire autre chose avec mes datas ?



D'avance merci

pmarcelo

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Re: Famille multiprotéiques et XIC

Message par Christophe Bruley le Jeu 23 Nov - 9:08

Bonjour ,

Proline déclare les 3 Histones comme différentielles sur la base des valeurs d'abondances obtenues dans les différentes conditions, pas en comparant les 3 Histones entre elles. Du coup puisque les 3 Histones ont les mêmes valeurs d'abondances (à cause du fait qu'elles sont quantifiées par les meme peptides) et qu'elles sont très abondantes dans une condition et moins dans l'autre, alors elles sont toutes les 3 différentielles.

Pour le fait que les 3 Histones soient quantifiées par leurs peptides partagés cela peut être du à deux choses : soit au filtre que tu as utilisé pour faire le post processing de l’agrégation peptide->proteines (les paramètres du "refine abundances"), soit parce que les peptides spécifiques n'ont pas été quantifiés par Proline (toutes ses valeurs de raw abondance sont a zero). Ce qui est étonnant dans cette seconde hypothèse c'est que ça voudrait dire que c'est le cas pour chacun des peptides spécifiques des trois formes .. c'est un hasard "trop malheureux" pour être honnête Neutral .

Peux-tu nous dire quels parametres tu as utilisé pour le refine et regarder les raw abondances des peptides spécifiques pour connaitre leurs valeurs ?
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Christophe Bruley

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Re: Famille multiprotéiques et XIC

Message par pmarcelo le Jeu 23 Nov - 10:52

Bonjour Christophe,

Dans le Refin Proteins Sets Abundances, j'ai coché :
- Pep. selection : Use Only Specific Peptides
- Pep. configuration : Apply Normalisation
- Prot. configuration : Apply Normalisation

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Re: Famille multiprotéiques et XIC

Message par Christophe Bruley le Jeu 23 Nov - 16:48

Ok, et tu as choisi quelle méthode d'agrégation ? As-tu pu regarder les valeurs de raw abondance des peptides et des 3 proteins d'Histone ?
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Re: Famille multiprotéiques et XIC

Message par pmarcelo le Jeu 23 Nov - 17:23

Oups désolé, j'ai oublié, la médiane des ratios

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Re: Famille multiprotéiques et XIC

Message par pmarcelo le Lun 27 Nov - 12:01

Pour ce qui est des valeurs de raw abondance des peptides tu veux dire quoi ?

pmarcelo

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Re: Famille multiprotéiques et XIC

Message par Christophe Bruley le Mar 28 Nov - 8:25

Dans l'affichage de studio tu peux choisir les colonnes qui doivent être affichées (en cliquant sur l'icone ). Dans la liste des colonnes tu choisi ensuite les "Raw abundance". La différence entre "Abundance" et "Raw Abundance" c'est que la "raw abundance" est celle obtenue à partir du signal brut, sans filtre, normalisation ni selection des peptides.
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Christophe Bruley

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