Quantifcation XIC - nombre de peptides quantifiés

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Quantifcation XIC - nombre de peptides quantifiés

Message par Solenne le Jeu 5 Oct - 17:40

Bonjour,
J'ai effectué une extraction des abondances XIC et puis un filtrage avec le Refine Protein Sets abundance pour ne conserver que les peptides spécifiques et éliminer les missed cleavage et les peptides oxydés.
Or je constate que dans les tableaux d'export, je ne vois pas de différence sur le nombre de peptides quantifiés indiqués dans la colonne #quant.peptide que j'exclue ou non les MC et les peptides oxydés. Dans la visualisation des Protein Sets abundances, je vois bien pourtant que les peptides en question ont été exclus de la quantification car ils sont décochés et apparaissent en italique.
Je me demande si j'ai oublié une étape ou s'il y a une incohérence entre le nombre de peptides réellement utilisé pour la quantification et celui indiqué dans les tableaux d'export ?
Merci pour votre aide

Solenne

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Re: Quantifcation XIC - nombre de peptides quantifiés

Message par ProlineAdmin le Ven 6 Oct - 15:56

Bonjour Solenne,

En effet ce n'est pas cohérent ! Tu n'as rien oublié ... nous allons regarder pour comprendre ce qui se passe. Je pense que c'est plus une erreur d'affichage que de la sélection des peptides quantifiés . D'ailleurs, l'abondance protéique a due évoluer !?

On regarde et te répond plus précisément
Bonne Journée

Véronique

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Re: Quantifcation XIC - nombre de peptides quantifiés

Message par Solenne le Lun 9 Oct - 10:29

Oui, l'abondance a changé donc je dirais plutôt que c'est une problème d'affichage. Mais du coup ça m'empêche de sélectionner les protéines avec au moins 2 peptides quantifiés.
En revanche, il semble que l'exclusion des peptides oxydés ne fonctionne pas car ils apparaissent toujours après application du filtre.

Solenne

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Re: Quantifcation XIC - nombre de peptides quantifiés

Message par ProlineAdmin le Mar 10 Oct - 9:57

Bonjour Solenne,

Alors, on a corrigé l'affichage dans Studio, la colonne  "#Quant. peptide" est mis à jour après l'application d'un Refine Protein Sets abundance.

Sinon, juste pour être sure, dans l'export excel (lancé depuis le dataset de quantification-> clique droit -> Export -> Excel), les valeurs sont bonnes. En fait on a le nombre total de peptides identifiés pour le protein set (#peptide) et pour chaque run on a le nombre de peptides quantifiés (peptides_count_xxx).

Enfin il y avait effectivement un problème sur le filtre des peptides oxidés ! C'est également corrigé.

Merci pour ces retours
Bonne Journée
Veronique

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