Normalisation des données XIC

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Normalisation des données XIC

Message par Solenne le Lun 10 Juil - 16:12

Bonjour,

J'ai deux questions au sujet de la normalisation pour la quantification en XIC :

1/ Je souhaiterais faire une normalisation des données par la médiane des ratios mais je ne trouve pas cette option dans l'outil de normalization du Data Analyzer. J'ai les options suivantes : Global rescaling / Median centering / Mean centering / Mean centering scaling. Où puis-je la trouver ?

2/ Par ailleurs, est-il possible de faire une normalisation sur un sous-ensemble de protéines que l'on pourrait définir (par exemple un mélange de peptides que l'on aurait spiké en quantité équivalente dans tous les échantillons d'un projet ?

Merci pour votre aide,
Solenne

Solenne
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Re: Normalisation des données XIC

Message par Anne-Marie le Mar 11 Juil - 9:03

Bonjour

1/ la mediane des ratio ne se fait pas via le data analyzer mais via le process Refine protein sets abundances (clic droit sur un XIC de l'arbre)
dans ce cas :
pour une normalization sur les ions --> onglet Pep. configuration --> cocher la case Apply Normalization (median)
pour une normalization sur les protein sets après agrégation --> onglet Prot. configuration --> cocher la case Apply Normalization (median)

si tu utilises ces options, la normalization via le DataAnalyzer est en générale inutile --> à vérifier via les graphs

2/ une normalisation a façon n'est pour l'instant pas possible : est ce que ce sont des peptides standards (type iRT) que tu utilises ?

Anne-Marie

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Re: Normalisation des données XIC

Message par Solenne le Mar 11 Juil - 9:40

Bonjour Anne-Marie,
Merci pour ta réponse.
1/ Habituellement, je ne normalise pas sur les protein sets, uniquement sur les peptides. Est-ce que vous recommandez de normaliser aussi sur les protéines après agrégation ?
Si je normalise sur les peptides via le refine, ça correspond à la médiane des ratios donc ?

2/ Oui, ce sont effectivement des iRT. Il se pourrait que dans de futurs projets je souhaite me baser sur d'autres protéines ou peptides mais les iRT déjà ce serait top.

Solenne

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Re: Normalisation des données XIC

Message par Solenne le Mar 11 Juil - 10:04

En fait, je pense que j'ai fait une confusion, quand je normalise dans le Data Analyzer à partir des données de XIC Protein sets, c'est sur les protéines que je normalise. je ne normalise pas avant sur les peptides. Est-ce que vous recommandez de faire les 2 ou plutôt un seul ? lequel ?

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Re: Normalisation des données XIC

Message par Anne-Marie le Mar 11 Juil - 10:23

il est en général plus judicieux de normaliser au plus bas niveau avant aggrégation
très souvent la normalisation ions/peptides du refine suffit à avoir des données très correctes


Anne-Marie

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Re: Normalisation des données XIC

Message par Solenne le Mar 11 Juil - 10:29

C'est noté, merci pour ta réponse.

Solenne

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Re: Normalisation des données XIC

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