Fusion de fichiers et quantification

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Fusion de fichiers et quantification

Message par Geraldine@CLIPP le Lun 3 Avr - 16:02

Bonjour,

Je ne me souviens plus s'il est possible de fusionner plusieurs fichiers .raw dans la partie identification (des zones de gel 1D par exemple) et d'utiliser ces fichiers fusionnés pour l'étape de quantification (et avoir ainsi qu'un seul fichier par piste) ?
Quelle est la limite en terme de nombre d'échantillons à comparer ? (j'aurais 10 contrôles vs 10 malades)
Merci.

Géraldine

Geraldine@CLIPP

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Re: Fusion de fichiers et quantification

Message par Christophe Bruley le Mar 4 Avr - 13:29

Si j'interprète bien tu aimerais faire de la quantification avec un fractionnement en amont et plusieurs réplicats par fraction c'est bien ca ? Si oui, pour le moment la seule facon de le faire dans Proline, c'est de lancer une quantification par fraction en associant à chaque fraction les réplicats qui vont avec. C'est contraignant s'il y a beaucoup de fractions et ca ne permet pas de gérer le fait qu'une proteine ou un peptide soit éventuellement présent dans une autre fraction que celle théoriquement attendue. C'est la raison pour laquelle nous sommes en train de travailler à une version permettant de lancer des quanti avec fractionnement.

Pour le nombre d'échantillon à comparer la limite dépend uniquement de la machine sur laquelle tourne Proline. On lance sans problème des comparaisons avec 40 échantillons et à l'IPBS ils ont déjà fait tourner avec 80 ou 90 échantillons il me semble.

Christophe
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Christophe Bruley

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